Novas tecnologias no seqüenciamento de dna

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Transcrição da apresentação:

Novas tecnologias no seqüenciamento de dna Prof. Vinicius Campos

Seqüenciamento 2 principais fases 1) produção de moléculas - bibliotecas de gDNA, cDNA, etc. 2) seqüenciamento propriamente dito - Sanger

Introdução Ferramentas de seqüenciamento buscam: Maior velocidade Maior eficiência Menor custo

Tecnologias de sequenciamento Sanger sequencing PNAS 74 (1977), n. 12, 5463-5467 Sequenciador MegaBACE (1Mpb/24 horas) Pirosequenciamento Nature 437 (2005), 362-7 Sequenciador 454 (150Mpb/24 horas)

Revolução... 2005 454 sequencing “Massively parallel amplification” pyrosequencing EmPCR – “Emulsion PCR”

Inovações Comerciais

Roche 454

Princípios do Pirossequenciamento

Princípios do Pirossequenciamento

Princípios do Pirossequenciamento

Princípios do Pirossequenciamento

Princípios do Pirossequenciamento e.g. N at position 1 Fluorescence-labeled decoder for nucleotide G A T C Call for base at position 1 G

Visão da Placa de pirossequenciamento pelo equipamento

(75,179) G (188,358) G 1 (75,179) (188,358)

(75,179) G A (188,358) G A 1 2 (75,179) (188,358)

(75,179) G A T (188,358) G A T 1 2 3 (75,179) (188,358)

(75,179) G A T C (188,358) G A T C 1 2 3 4 (75,179) (188,358)

(75,179) G A T C T (188,358) G A T C G 1 2 3 4 5 (75,179) (188,358)

(75,179) (188,358) HUMFTE1A HSRNPA1 G A T C T T A C C C G T G A C A A 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 (75,179) (188,358)

Sequencia de uma bead específica G A T C C C A G T G A A T C C T G G G T

Signature GATCTGCATTCGGTAACAGG 1 2 GATCTTTGTCAACCAAAACA 3 GATCCCTGTGAAGACCCAGG 113 4 GATCTTTCCTCCTGGTTACT 16 5 GATCCAGTCAAGGAGAAAGA 6 GATCTGATAGTCCTGAAAAC 22 7 GATCATGGTGATGTACGGGG 8 GATCCAGTGCTATTCTGTCA 38 9 GATCAATCCCTCAAGATTTT 312 . 23,685 GATCACCATCCCAGTCACCT 2,588 856,567 # of Beads

Vantagens Maior rapidez no sequenciamento Menor custo Sequenciamento simultâneo Menor custo Menos erros na leitura

Novas possibilidades Aprofundar regulação genoma Acompanhar resistência viral e bacteriana em tempo real Ter acesso a novos genes Entender a terapêutica gênica Integrar informações biológicas com questões de saúde e doença Avaliação genômica personalizada Avanços ainda inimagináveis

Aplicações comerciais atuais... https://www.23andme.com/