II Seminário de Ontologia Uso de ontologias em projetos de e-Science Daniele Palazzi 1,2, Laryssa Silva 1, Luiz Felipe Mendes 1, Wander Gaspar 1, Ely Matos 1, Fernanda Campos 1,2, Regina Braga 1,2 1 Mestrado em Modelagem Computacional 2 Núcleo de Pesquisa em Qualidade de Software Universidade Federal de Juiz de Fora Juiz de Fora, MG – Brasil

II Seminário de Ontologia e-Science Aparato tecnológico e conceitual em apoio às pesquisas científicas –Processamento de grandes massas de dados –Compartilhamento de informações e a coordenação do processo –Simulação de experimentos através de workflows científicos –Uso de serviços Web e outras aplicações –Uso de metodologias para auxiliar o desenvolvimento de software científico

II Seminário de Ontologia O futuro do e-Science Utilização de serviços Web Uso de ontologias para representar semanticamente o conhecimento e torná-lo legível por computadores Agentes inteligentes Foco em: –Dados –Informação –Conhecimento

II Seminário de Ontologia ASOW-Science Detalhamento de uma infra-estrutura para e- science com ênfase em projetos em modelagem computacional –Ontologias –Serviços web semânticos –Workflows científicos –Agentes inteligentes.

II Seminário de Ontologia ASOW-Science Uso de ontologias –MathWS: Gams, Algorithm, Problem. –CeloWS: CelO. –SASAgent: SASOntology. –Abordagem para desenvolvimento de ontologias no domínio de e-Science. –Uso de ontologias em proveniência de dados científicos.

II Seminário de Ontologia Ontologia em e-Science: CelO Representação dos modelos - níveis –Biológico –Matemático –Computacional A linguagem CellML Proposta –Representação do conhecimento: Ontologia CelO –Manipulação e Execução de modelos: CelOWS

II Seminário de Ontologia CelO – Cell Component Ontology Ontologia para Modelagem em Eletrofisiologia da Célula Cardíaca Objetivos –Representação dos modelos com linguagem lógica –Anotações semânticas sobre os modelos CellML –Modelos com variáveis definidas semanticamente –Criação de um repositório de modelos semânticos –Reuso de componentes através de composição automática ou semi- automática Uso de OWL-DL Integração com CellML Extensível

II Seminário de Ontologia CelO – Cell Component Ontology Visão geral da ontologia

II Seminário de Ontologia CelO – Cell Component Ontology SIEntity –Dicionário de unidades e grandezas

II Seminário de Ontologia CelO – Cell Component Ontology DomainEntity –Vocabulário compartilhado pelos pesquisadores para construção de modelos

II Seminário de Ontologia CelO – Cell Component Ontology ModelEntity –Inspirado na ontologia OWL-S

II Seminário de Ontologia CelO – Cell Component Ontology Regras –inferir conhecimento que está implícito em modelos CellML Define a grandeza medida por uma variável: celo:Variable(?x1) ^ celo:hasDetail(?x1, ?x2) ^ celo:DefinedUnit(?x3) ^ celo:hasName(?x3, ?x4) ^ swrlb:stringEqualIgnoreCase(?x2, ?x4) ^ celo:measures(?x3, ?x5) -> celo:hasMeasure(?x1, ?x5) celo:Variable(?x1) ^ celo:hasDetail(?x1, ?x2) ^ celo:UserDefinedUnit(?x3) ^ celo:hasName(?x3, ?x4) ^ swrlb:stringEqualIgnoreCase(?x2, ?x4) ^ celo:measures(?x3, ?x5) -> celo:hasMeasure(?x1, ?x5) celo:Variable(?x1) ^ celo:hasDetail(?x1, ?x2) ^ celo:StandardUnit(?x3) ^ celo:hasName(?x3, ?x4) ^ swrlb:stringEqualIgnoreCase(?x2, ?x4) ^ celo:measures(?x3, ?x5) -> celo:hasMeasure(?x1, ?x5) Associa uma variável a um elemento químico (exceto as variáveis sem dimensão): celo:Variable(?x1) ^ celo:hasDetail(?x1, ?x2) ^ celo:ChemicalEntity(?x3) ^ celo:hasName(?x3, ?x4) ^ swrlb:stringEqualIgnoreCase(?x2, ?x4) ^ celo:hasVariableUnit(?x1, ?x5) ^ celo:hasName(?x5, ?x6) ^ swrlb:notEqual(?x6, "dimensionless") -> celo:hasDomainEntity(?x1, ?x3)

II Seminário de Ontologia CelOWS - Arquitetura

II Seminário de Ontologia Trabalhos Futuros Busca semântica para composição de modelos. Detalhar workflows científicos a partir das composições dos modelos. Uso de agentes inteligentes para auxiliar na composição automatizada dos modelos. Parcerias...

II Seminário de Ontologia Uso de ontologias em projetos de e-Science Daniele Palazzi 1,2, Laryssa Silva 1, Luiz Felipe Mendes 1, Wander Gaspar 1, Ely Matos 1, Fernanda Campos 1,2, Regina Braga 1,2 1 Mestrado em Modelagem Computacional 2 Núcleo de Pesquisa em Qualidade de Software Universidade Federal de Juiz de Fora Juiz de Fora, MG – Brasil