Modelagem por Homologia

Apresentação em tema: "Modelagem por Homologia"— Transcrição da apresentação:

1 Modelagem por Homologia
BLAST and Psi-BLAST Clustal W and X, MODELLER MODELLER6v2 MODELLER, SMS, PROCHECK

2 Modeller Faz a modelagem satisfazendo as restrições de espaço.
Utilizado mais frequentemente para modelagem comparativa ou por homologia. Se a identidade entre os modelos for menor de 20%, um alinhamento correto fica muito difícil de ser obtido, e consequentemente um modelo não se torna confiável. Entre 40 to 50% de identidade os modelos são geralmente corretos. A predição ab initio de proteínas ainda é um grande desafio.

3 MODELLER ALIGN2D.top MODEL.top model.pdb
Modelagem por homologia satisfazendo as restrições espaciais (estereoquímica da molécula) Sequência alvo: seq.txt Estrutura modelo: file.pdb Arquivo com alinhamento: file.ali TOP scripts: ALIGN2D.top MODEL.top Outras facilidades Loops modeling. M.D., Energy minimization and simulated annealing. Models with H2O and HETATM. Etc.... MODEL.top model.pdb

4 Modelagem por homologia usando MODELLER
MODELLER 6v2 Arquivos necessários: ALIGN2D.top MODEL.top Sequência alvo: seq.txt Estrutura modelo: file.pdb Arquivo com alinhamento: file.ali Modeller6v2 in Linux Cluster of 2X Intel PIII Using SSH Client shell Host name: ganso username: guest0? password: smscg

5 Sequence file SEQ.txt

6 Psi-Blast result in users 1-3

7 ALIGN2D.top file in 1-3

8 Alinhando a sequência alvo com nossa sequência
Arquivo: ALIGN2D.top Time exec. ~1 min. Running ALIGN2D.top $rsh node ? $cd modeller $mod6v2 ALIGN2D.top View alignment file file.ali $exit $pico file.ali

9 MODEL.top file in 1-3

10 Construção do modelo Arquivo: MODEL.top
(Time exec. ~5 min.) Running MODEL.top $rsh node? $cd modeller $mod6v2 MODEL.top View log file MODEL.log $exit $pico MODEL.log

11 Avaliando o modelo com os dados do arquivo: MODEL
Avaliando o modelo com os dados do arquivo: MODEL.log (Avaliação Interna) O melhor modelo é selecionado escolhendo o modelo com o menor valor de MODELLER Objective Function Renomear o modelo selecionado de model para model.pdb

12 Selecionando o melhor modelo

13 Avaliação do modelo com PROCHECK e SMS Avaliação Externa
Avaliar o modelo no SMS Ramachandran Plot Avaliar o modelo com PROCHECK $cd procheck $procheck (model.pdb) (resolution) Transferir os arquivos .ps files e visualizar com GSview Comparar modelo e arquivo pdb usando JPD no modo split screen Launch Java Protein Dossier: