A apresentação está carregando. Por favor, espere

A apresentação está carregando. Por favor, espere

Paula Kuser Falcão Modelagem por Homologia BLAST and Psi-BLAST Clustal W and X, MODELLER MODELLER6v2 MODELLER, SMS, PROCHECK.

Apresentações semelhantes


Apresentação em tema: "Paula Kuser Falcão Modelagem por Homologia BLAST and Psi-BLAST Clustal W and X, MODELLER MODELLER6v2 MODELLER, SMS, PROCHECK."— Transcrição da apresentação:

1 Paula Kuser Falcão Modelagem por Homologia BLAST and Psi-BLAST Clustal W and X, MODELLER MODELLER6v2 MODELLER, SMS, PROCHECK

2 Paula Kuser Falcão Se a identidade entre os modelos for menor de 20%, um alinhamento correto fica muito difícil de ser obtido, e consequentemente um modelo não se torna confiável. Entre 40 to 50% de identidade os modelos são geralmente corretos. A predição ab initio de proteínas ainda é um grande desafio. Modeller Faz a modelagem satisfazendo as restrições de espaço. Utilizado mais frequentemente para modelagem comparativa ou por homologia.

3 Paula Kuser Falcão MODELLER ALIGN2D.top MODEL.top model.pdb Modelagem por homologia satisfazendo as restrições espaciais (estereoquímica da molécula) Sequência alvo: seq.txt Estrutura modelo: file.pdb Arquivo com alinhamento: file.ali TOP scripts: ALIGN2D.top MODEL.top Outras facilidades Loops modeling. M.D., Energy minimization and simulated annealing. Models with H2O and HETATM. Etc....

4 Paula Kuser Falcão Sequência alvo: seq.txt Estrutura modelo: file.pdb Arquivo com alinhamento: file.ali Modelagem por homologia usando MODELLER Modeller6v2 in Linux Cluster of 2X Intel PIII Using SSH Client shell Host name: ganso username: guest0? password: smscg ALIGN2D.top MODEL.top MODELLER 6v2 Arquivos necessários:

5 Paula Kuser Falcão Sequence file SEQ.txt

6 Paula Kuser Falcão Psi-Blast result in users 1-3

7 Paula Kuser Falcão ALIGN2D.top file in 1-3

8 Paula Kuser Falcão Alinhando a sequência alvo com nossa sequência Running ALIGN2D.top $rsh node ? $cd modeller $mod6v2 ALIGN2D.top View alignment file file.ali $exit $pico file.ali Time exec. ~1 min. Arquivo: ALIGN2D.top

9 Paula Kuser Falcão MODEL.top file in 1-3

10 Paula Kuser Falcão Running MODEL.top $rsh node? $cd modeller $mod6v2 MODEL.top View log file MODEL.log $exit $pico MODEL.log (Time exec. ~5 min.) Construção do modelo Arquivo: MODEL.top

11 Paula Kuser Falcão Avaliando o modelo com os dados do arquivo: MODEL.log ( Avaliação Interna) O melhor modelo é selecionado escolhendo o modelo com o menor valor de MODELLER Objective Function Renomear o modelo selecionado de model para model.pdb

12 Paula Kuser Falcão Selecionando o melhor modelo

13 Paula Kuser Falcão Avaliação do modelo com PROCHECK e SMS Avaliação Externa Avaliar o modelo no SMS Ramachandran Plot Avaliar o modelo com PROCHECK $cd procheck $procheck (model.pdb) (resolution) Transferir os arquivos.ps files e visualizar com GSview Comparar modelo e arquivo pdb usando JPD no modo split screen Launch Java Protein Dossier:


Carregar ppt "Paula Kuser Falcão Modelagem por Homologia BLAST and Psi-BLAST Clustal W and X, MODELLER MODELLER6v2 MODELLER, SMS, PROCHECK."

Apresentações semelhantes


Anúncios Google