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Web Semântica - Gene Ontology - Gene Ontology (GO) Felipe Dias Maria Fernanda.

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Apresentação em tema: "Web Semântica - Gene Ontology - Gene Ontology (GO) Felipe Dias Maria Fernanda."— Transcrição da apresentação:

1 Web Semântica - Gene Ontology - Gene Ontology (GO) Felipe Dias Maria Fernanda

2 Web Semântica - Gene Ontology - Objetivos Trabalho colaborativo para atender à necessidade de descrições consistentes de produtos de gene. Reunir três bancos de dados distintos (1998) –FlyBase (Drosophila) –Saccharomyces Genome Database (SGD) –Mouse Genome Database (MGD)

3 Web Semântica - Gene Ontology - Atualmente Inclui diversos tipos de repositório de genomas: –Animais –Plantas –Micróbios Reúne diversos outros bancos de dados, entre eles: –GeneDB (do Wellcome Trust Sanger Institute) –The Institute for Genomic Research (TIGR)

4 Web Semântica - Gene Ontology - Projeto GO Desenvolveu três ontologias baseadas em: –Processos biológicos –Componentes celulares –Funções moleculares Ontologias independentes de espécies.

5 Web Semântica - Gene Ontology - Projeto GO Aspectos do projeto: –Desenvolvimento e manutenção das ontologias. –Anotação dos produtos de genes. –Desenvolvimento de ferramentas para facilitar a manutenção, criação e uso das ontologias.

6 Web Semântica - Gene Ontology - As Ontologias Componentes celulares –O componente de uma célula com a restrição de ser parte de uma estrutura maior. Processos biológicos –Série de eventos realizados por uma ou mais configurações de processos biológicos. Funções moleculares –Descreve atividades à nível molecular.

7 Web Semântica - Gene Ontology - Áreas não cobertas Produtos de genes. Processos, funções e componentes exclusivos de mutações ou doenças. Interações proteína – proteína. Propriedades anatômicas ou histológicas acima do nível de componente celular.

8 Web Semântica - Gene Ontology - Outras ontologias da OBO OBO: Open Biomedical Ontologies Biological imaging methods –Ontologia de preparação de amostras, visualização e métodos gráficos utilizados em pesquisa biomédica. Drosophila gross anatomy –Ontologia da anatomia da Drosophila Melanogaster.

9 Web Semântica - Gene Ontology - Bibliografia Gene ontology: – Ontologias da OBO: –http://obo.sourceforge.net/cgi-bin/table.cgihttp://obo.sourceforge.net/cgi-bin/table.cgi Outras informações: –http://www.dcc.ufrj.br/~dias/websemantica/http://www.dcc.ufrj.br/~dias/websemantica/


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