A apresentação está carregando. Por favor, espere

A apresentação está carregando. Por favor, espere

Genome sequence. Genome size does not correlate well with gene number or with apparent organism complexity Closely related organisms can have genome sizes.

Apresentações semelhantes


Apresentação em tema: "Genome sequence. Genome size does not correlate well with gene number or with apparent organism complexity Closely related organisms can have genome sizes."— Transcrição da apresentação:

1 Genome sequence

2 Genome size does not correlate well with gene number or with apparent organism complexity Closely related organisms can have genome sizes that vary by 100x Human genome is 30x smaller than some plant genomes

3 N= ln (1-P) ln (1 - f ) Tamanho do fragmento clonado (pb) Tamanho do genoma (pb) 2 X10 6 Bacteria 2 X10 7 Fungo 3 X10 9 mamíferos 5 X X X X Número de clones teoricamente necessários para representar o genoma

4

5 5...ATCGGTACCAGGCTCCTCAGAGT TAGCCATGGTCCGAGGAGTCTCA...5 Seqüênciamento do genoma por shotgun Genoma aberto Clonagem e seqüênciamento Alinhamento dos clones Genoma seqüênciado Clones shotgun Bioinformática

6 Fragmentos de DNA ramdômicos podem ser obtidos usando o processo HydroShear (GeneMachines Inc., USA). Construção da biblioteca shotgun

7 6,0 kb 1,0 1,5 2,0 3,0 4,0 5,0 7,0 11,0 DNA sonicado para construção biblioteca shotgun

8 In shotgun approach, DNA is randomly broken into fragments, and each is sequenced w/out knowing where in the genome the fragment comes from

9 Maria Aparecida Fernandez- DBC - UEM

10 1.cromossomo ou cosmídeo 2.fragmentação _ enzimática _ nebulização 3.clonagem _ pUC18 ACCTGATGCCGACGGG 4.seqüenciamento 5.montagem 6.finalização Contig 1Contig 2 Cosmídeoiniciador 7.anotação retro-alimentação BancadaBioinformática SEQUENCIAMENTO DE DNA

11 Automated DNA Sequencing If the chain terminators are labeled instead of the primers, all four reactions can occur in the same tube.

12 Maria Aparecida Fernandez- DBC - UEM SEQUENCIAMENTO DE DNA

13 Typical output of an automated sequencer

14 Maria Aparecida Fernandez- DBC - UEM Estrutura da Rede de Computadores Switcher Servidor Web FTP Firewall Pentium III 750 MHz Sun 450 Enterprise 4 processadores 4 GB RAM 300 GB HD PC1 PC2 PC3 PCn INTERNET Instituições participantes do projeto Laboratório de bioinformática

15 Montagem do genoma Phred – identificação de bases (base calling) e valores de qualidade Cross-match – identificação de seqüências de vetor Phrap – montagem das seqüências contíguas (contigs) Consed – análise e edição dos contigs Finalização – fechamento de falhas (Scaffold), determinação de genes (BLAST/Glimmer) e anotação (Artemis/Sequin)

16 GENOMAS SEQUENCIADOS

17 Bacterial genome

18 Eukaryotic DNA: chromosome

19 Band pattern of human chromosomes

20 Genes in genome

21 The organization of genes on a human chromosome

22 Human genome sequence

23 Comparison of genomes

24 Dogma central da biologia molecular 5´ 3´ DNA Replicação do DNA Reparo de DNA Recombinação genética 5´ 3´ RNA Síntese de RNA Transcrição Síntese protéica Tradução Proteína H2NH2NCOOH Tradução Transcrição

25 Gene Definição Molecular Seqüência de DNA que codifica uma proteína Não acredito que vocês estão satisfeitos com esta definição!!!

26 Alguns genomas são constituídos de RNA e não de DNA. Alguns genes produzem RNA (tRNA e rRNA) e não proteínas. Algumas regiões não-codantes são importantes para produção de RNA e proteínas. Gene Falhas da definição molecular

27 Open Reading Frame - ORF É a seqüência de nucleotídeos que codifica os aminoácidos de uma proteína. A definição molecular de gene é mais ampla do que apenas a seqüência codante. Gene

28 Finding the regions in a DNA sequence that encode a protein: Computer programs designed to identify ORFs

29 Toda seqüência de nucleotídeos necessária para a síntese de uma cadeia polipeptídica ou de RNA funcionais. Gene Definição molecular atual

30 Regulatórias Sítios de ligação da RNA polimerase Sítios de ligação dos fatores transcricionais Íntrons Sítios de Poliadenilação - poliA Gene Regiões não-codantes

31 PromotorE1I1E2I2E3PoliA Interruptor do gene Fatores transcricionais RNA polimerase Seqüência codante ATG Seqüência não-codante Splicing Cauda de poliadenina Gene

32 Introns can be recognized by conserved sequences at the junctions that are required for their removal

33 All parts of the genome are subject to mutation, but not all parts are subject to natural selection Sequences that do not encode protein are not under selective pressure and thus diverge more rapidly

34 Comparative genomics is our most powerful tool for identifying the exons of expressed genes Random mutations leads to extensive sequence variation between humans and mice at all sites that are NOT under selection. Because of functional constraints, the exons in genes stand out as islands of conservation.

35 Distribution of sequence types in the human genome

36 Average human gene is about 20x larger than genes in E. coli or even in yeast

37 Gene density is much higher in compact yeast genome relative to human The partly reflects the compression of gene regulatory sequences into short regions just upstream of the gene. Human regulatory elements can be spread out over tens of 1000s of basepairs

38

39

40 The C. elegans genome was completed in 1998 and is predicted to contain 19,000 genes; 3x more than the unicellular eukaryote, S. cerevisiae


Carregar ppt "Genome sequence. Genome size does not correlate well with gene number or with apparent organism complexity Closely related organisms can have genome sizes."

Apresentações semelhantes


Anúncios Google