Marcelo Falsarella Carazzolle Laboratório de Genômica e Proteômica

Apresentação em tema: "Marcelo Falsarella Carazzolle Laboratório de Genômica e Proteômica"— Transcrição da apresentação:

1 BLAST (continuação) mcarazzo@lge.ibi.unicamp.br
Marcelo Falsarella Carazzolle Laboratório de Genômica e Proteômica Unicamp

2 Resumo Revisão BLAST PHI-BLAST PSI-BLAST BLAST2SEQS

3 Revisão Query = formato da seq de entrada.
BD = formato das seqs do BD. nt (trad) = seq em nt traduzida pelo programa. Compara = o que é comparado, nucleotídeos (nt) ou aminoácidos (aa). Programa = um dos cinco principais tipos de blast.

4 1 subject query 71 1 64 134

5 PHI-BLAST Ex : [CG](5)TG{A}N(1,5)C
- É um blastp com a opção de passar uma outra sequência curta ou um padrão servindo como um vínculo para a consulta N - Qualquer nucleotídeo N(3) - Uma sequência de três nucleotídeos N(2,4) - Uma sequência de 2,3 ou 4 nucleotídeos [AC] - pode ser um A ou um C {AG} - não pode ser nem A e nem G Ex : [CG](5)TG{A}N(1,5)C

6 PSI-BLAST - É um blastp interativo no qual a matriz (BLOSUM), após a primeira interação, é refeita com base nos alinhamentos entre as proteínas resultantes da consulta : - uma posicão conservada no alinhamento recebe um score alto e uma posição não conservada um score baixo - É útil para encontrar membros distantes de famílias de proteínas

7 BL2SEQS - Faz um blast de uma sequência contra a outra (blastn/blastx/blastp/tblastx/tblastn -