11 Secretaria de Educação Profissional e Tecnológica Prática Prospecção gênica e Bioinformática Adilson Jayme de Oliveira/IFB-Planaltina, Doutorando IF Goiano Rio Verde

Aula Prática Bioinformática (Individual ou Duplas) 1ª parte –Acesso aos links com os exemplos sugeridos –Para quem preferir a tradução do Inglês para o Português, acesse os links no Google CHROME 2ª parte –Livre acesso de acordo com a área de interesse individual.

Sequencia bruta Retirada Vetor Fase aberta de leitura (ORF) ( gorf/gorf.html) Consensos da expressão gênica (transcrição e tradução) ( bimas.cit.nih.gov/molbio/signal/) Comparação com seqüências depositadas ( Análise estrutural (Vlahoviček, Kristian et al. 2003) a/index.php) Consenso com elementos repetitivos (transposons) Ações necessárias e anotações genéticas mais frequentes

Ferramenta para obtenção e análise de sequências/estruturas de ácidos nucléicos e peptídeos Ferramentas Bioinformática

Registro e confirmação por

Tutoriais e Redes Sociais

Após a anotação (automática ou manual) as sequência são disponibilizadas nos bancos de dados. Ferramentas Bioinformática 1) O pesquisador obteve a sequência e quer saber do que se trata. ?

blink.cgi?mode=query MGTHGTSNGTHGAIRVTGVHDTGILGGGGHTGMPGAAGMGPM ARVTAPQHKTGGILRRSSSSSSSSSSEDDGMGGCRMKGLKEKI KEKMPGGHKGNQGKATAPGAYSGMTGYTGPTSTGTTGGHGT TTTKGTHEKKRFMEKVKEKLPGQH Sequencia de Aminoácidos (Proteína)

Lista de hits

Clique sem selecionar

GenPept

Identical Protein

FASTA

Graphics

Graphics: referências RNAm

GenBank

Graphics: referências RNAm

Full Report LOC

Map Viewer LOC

NW_ (not localized on the chromosome)

Map Viewer LOC

NW_ (not localized on the chromosome)

Full Report LOC

Link externo => 2º exemplo

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Distance tree of results

Multiple alignment

PubMed

Ferramentas Bioinformática 2) O pesquisador tem um problema biológico e quer obter o DNA de interesse. ? Bioativos X Produtividade X tolerância a doenças (?)

Setaria italica (foxtail millet)

Beta caroteno ABA Castasterona Brassinosteroide

CYTR - Citocromo c oxidase (complexo IV), sensível ao cianeto CYTR desempenha um papel importante na transferência de elétrons a partir de compostos de ricos em elétrons (nucleotídeos de piridina reduzidos, malato e succinato para sintetizar ATP e água).

Tela abaixo

Blast + completo

Ortholog

Paralog

GFit

Motif

Align

N-J Tree

Dendogram

Mapa vias de biossíntese de carotenóide Mandioca Arroz Soja

Luteína Zetacaroteno Beta-caroteno Ácido Abscísico Violaxantina

Luteína Zetacaroteno B- caroteno Ácido Abscísico Violaxantina

KEGG - Banco de vias metabólicas

Ácido Abscísico Violaxantina

Interligação entre as vias

Lista das vias depositadas

Mapa metabólico não elaborado - busca do gene

Usuário x Bioinformatas Nem todos os genes estão depositados nas bases de dados: retiradas ou com patentes envolvidas) Estresse (seca, frio, calor): desencadeiam proteínas similares Estratégia: –buscar as sequencias nas rotas metabólicas (metabolômicas) –armazenar em bibliotecas as sequencias de interesse e comparar com outras rotas metabólicas (CLUSTALW) É importante fazer parceria com Bioinformatas para buscas mais detalhadas.

Outros programas

Fibroblasto

Prospecção gênica e Bioinformática Grato pela atenção Apresentador: Adilson Jayme-Oliveira – Orientadora: - (61) Embrapa Cerrados