Next – Generation Sequencing Era Illumina Genome Analyzer Daniel Onofre Vidal, PhD Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática Curso de Verão - 2010

Illumina Genome Analyzer Lâmina – 8 canais 1 a 12 amostra por canal = 96 amostras ~375 Mb por canal 3 a 3,5 GB (3 bilhões de bases) 48 horas Re-sequenciar um genoma microbiano inteiro (5 MB) - 75 x de cobertura (um canal) genoma humano (1 x – lâmina inteira)

Illumina Genome Analyzer Workflow Preparação das bibliotecas Formação dos clusters sequenciamento

Illumina Genome Analyzer Preparação das bibliotecas (6 horas)

Illumina Genome Analyzer Preparação das bibliotecas A A

Illumina Genome Analyzer Preparação das bibliotecas A T T A T

Illumina Genome Analyzer Preparação dos clusters (5 horas)

Illumina Genome Analyzer Preparação dos clusters

Illumina Genome Analyzer Preparação dos clusters

Illumina Genome Analyzer Preparação dos clusters

Illumina Genome Analyzer Preparação dos clusters

Illumina Genome Analyzer Preparação dos clusters

Illumina Genome Analyzer Preparação dos clusters A C T G G C T

Illumina Genome Analyzer Sequenciamento (2-3 dias) - 4 nucleotídeos marcados ao mesmo tempo - acurácia - sem problemas com homopolimeros Incorporação detecção desbloqueio

Illumina Genome Analyzer Sequenciamento

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Illumina Genome Analyzer Sequenciamento A T C G

Illumina Genome Analyzer Sequenciamento T A C G

Illumina Genome Analyzer Sequenciamento A

Illumina Genome Analyzer Sequenciamento A T A C G

Illumina Genome Analyzer Sequenciamento A A C T G

Illumina Genome Analyzer Sequenciamento A T

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Illumina Genome Analyzer Variante não conhecida SNP

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Illumina Genome Analyzer Aplicações Sequenciamento DNA (de novo, re-sequenciamento) transcriptoma (mRNA seq, tag, small RNA) Genotipagem ou descoberta SNPs Copy number variation (CNVs) variações estruturais

Illumina Genome Analyzer Aplicações Regulação Gênica small RNAs (miRNAs) Análise Epigenética sequencing-based methylation DNA-Protein interaction (CHIP-Seq)

Illumina Genome Analyzer Aplicações Regulação Gênica small RNAs (miRNAs) Análise Epigenética sequencing-based methylation

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Next-Generation Sequencing Para onde estamos caminhando? sequenciamento genomas individuais - 1 a 2 vezes na magnetude do custo

Obrigado!!!!