Bioinformática Base de dados: signalink

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1 Bioinformática Base de dados: signalink
Lais Oliveira 24848 Bioengenharia

2 Signalink SignaLink é uma base de dados de recurso de vias de sinalização para análise de cross-talk de Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster e Homo sapiens. Análise de uma base de dados de uma de sinalização uniforme de 3 metazoários que revelaram novos componentes de via, candidatos alvos de drogas, e produziu uma vista em larga escala da rede cross-talk das vias onde a utilização do tecido específico cross-talk foi descoberto.

3 Resumo Vias de sinalização intracelular controlam o crescimento celular, proliferação e diferenciação. Compreender a extensão pela qual elas estão interligadas, para mediar estes processos requer uma abordagem de biologia de sistemas. Criada a rede com curadoria de sinalização, SignaLink, que contém ao todo 1554 proteínas (nós) e 1461 interações (ligações dirigidas) de 8 principais vias de sinalização no nematóide Caenorhabditis elegans, a mosca da fruta Drosophila melanogaster, e seres humanos. SignaLink foi compilado com curadoria de regras uniformes, caracterizando as vias com a mesma profundidade de detalhes. Baseado em orthology previmos um total de 372 romance proteínas sinalizadoras nas três espécies. Em C. elegans que verificou experimentalmente o previsto romance adesão via Notch de todas as 6 proteínas testadas. Ao analisar caminho via conexões encontramos, que, ao contrário de vermes e moscas, em humanos qualquer dois dos 8 vias de sinalização podem cruzar falar. No entanto, os padrões de proteína de expressão a partir de tecidos humanos saudáveis ​​e carcinomas hepáticos mostraram que a utilização destes conversações cruzadas é específico do tecido. Examinamos os sistemas baseados droga potencial de seleção de alvos desta base de dados. A partir de uma lista preliminar de 397 candidatos alvo provável de drogas sugerimos novos estudos em 4 promissores proteínas sinalizadoras. Um destes foi recentemente proposto como um alvo da droga e os outros três são agentes anti-inflamatórios.

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