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Next – Generation Sequencing Era Illumina Genome Analyzer Daniel Onofre Vidal, PhD Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática Curso de Verão -

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Apresentação em tema: "Next – Generation Sequencing Era Illumina Genome Analyzer Daniel Onofre Vidal, PhD Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática Curso de Verão -"— Transcrição da apresentação:

1 Next – Generation Sequencing Era Illumina Genome Analyzer Daniel Onofre Vidal, PhD Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática Curso de Verão

2 Lâmina – 8 canais 1 a 12 amostra por canal = 96 amostras ~375 Mb por canal 3 a 3,5 GB (3 bilhões de bases) 48 horas Illumina Genome Analyzer Re-sequenciar um genoma microbiano inteiro (5 MB) - 75 x de cobertura (um canal) genoma humano (1 x – lâmina inteira)

3 Illumina Genome Analyzer Workflow Preparação das bibliotecas Formação dos clusters sequenciamento

4 Preparação das bibliotecas (6 horas) Illumina Genome Analyzer

5 A A Preparação das bibliotecas Illumina Genome Analyzer

6 A A T T A A T T Preparação das bibliotecas Illumina Genome Analyzer

7 Preparação dos clusters (5 horas) Illumina Genome Analyzer

8 Preparação dos clusters Illumina Genome Analyzer

9 Preparação dos clusters Illumina Genome Analyzer

10 Preparação dos clusters Illumina Genome Analyzer

11 Preparação dos clusters Illumina Genome Analyzer

12 Preparação dos clusters Illumina Genome Analyzer

13 Preparação dos clusters Illumina Genome Analyzer A C T G G C T

14 Sequenciamento (2-3 dias) - 4 nucleotídeos marcados ao mesmo tempo - acurácia - sem problemas com homopolimeros Illumina Genome Analyzer Incorporação detecção desbloqueio

15 Sequenciamento Illumina Genome Analyzer

16 Sequenciamento Illumina Genome Analyzer

17 Sequenciamento Illumina Genome Analyzer A T C G

18 Sequenciamento Illumina Genome Analyzer A T C G

19 Sequenciamento Illumina Genome Analyzer A

20 Sequenciamento Illumina Genome Analyzer A T C G A

21 Sequenciamento Illumina Genome Analyzer A T C G A

22 Sequenciamento Illumina Genome Analyzer A T

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25 Variante não conhecida SNP

26 Illumina Genome Analyzer

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29 Aplicações Sequenciamento - DNA (de novo, re-sequenciamento) - transcriptoma (mRNA seq, tag, small RNA) Genotipagem ou descoberta - SNPs - Copy number variation (CNVs) - variações estruturais

30 Illumina Genome Analyzer Aplicações Regulação Gênica - small RNAs (miRNAs) Análise Epigenética - sequencing-based methylation - DNA-Protein interaction (CHIP-Seq)

31 Illumina Genome Analyzer Aplicações Regulação Gênica - small RNAs (miRNAs) Análise Epigenética - sequencing-based methylation

32 Illumina Genome Analyzer

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42 Next-Generation Sequencing Para onde estamos caminhando? sequenciamento genomas individuais - 1 a 2 vezes na magnetude do custo

43 Obrigado!!!!


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