Next – Generation Sequencing Era Illumina Genome Analyzer

Next – Generation Sequencing Era Illumina Genome Analyzer
Daniel Onofre Vidal, PhD Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática Curso de Verão

Illumina Genome Analyzer
Lâmina – 8 canais 1 a 12 amostra por canal = 96 amostras ~375 Mb por canal 3 a 3,5 GB (3 bilhões de bases) 48 horas Re-sequenciar um genoma microbiano inteiro (5 MB) - 75 x de cobertura (um canal) genoma humano (1 x – lâmina inteira)

Illumina Genome Analyzer Workflow Preparação das bibliotecas
Formação dos clusters sequenciamento

Preparação das bibliotecas (6 horas)

Preparação das bibliotecas A A

Preparação das bibliotecas A T T A T

Preparação dos clusters (5 horas)

Preparação dos clusters

Preparação dos clusters A C T G G C T

Sequenciamento (2-3 dias) - 4 nucleotídeos marcados ao mesmo tempo - acurácia - sem problemas com homopolimeros Incorporação detecção desbloqueio

Sequenciamento

Sequenciamento A T C G

Sequenciamento T A C G

Sequenciamento A

Sequenciamento A T A C G

Sequenciamento A A C T G

Sequenciamento A T

Variante não conhecida SNP

Aplicações Sequenciamento DNA (de novo, re-sequenciamento) transcriptoma (mRNA seq, tag, small RNA) Genotipagem ou descoberta SNPs Copy number variation (CNVs) variações estruturais

Aplicações Regulação Gênica small RNAs (miRNAs) Análise Epigenética sequencing-based methylation DNA-Protein interaction (CHIP-Seq)

Aplicações Regulação Gênica small RNAs (miRNAs) Análise Epigenética sequencing-based methylation

Next-Generation Sequencing
Para onde estamos caminhando? sequenciamento genomas individuais - 1 a 2 vezes na magnetude do custo

Obrigado!!!!

Next – Generation Sequencing Era Illumina Genome Analyzer

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