Um cromossomo eucariotico tem tipicamente ~ 50 a 200 Mbp Como sequenciar um genoma ?

Apresentação em tema: "Um cromossomo eucariotico tem tipicamente ~ 50 a 200 Mbp Como sequenciar um genoma ?"— Transcrição da apresentação:

1 um cromossomo eucariotico tem tipicamente ~ 50 a 200 Mbp Como sequenciar um genoma ?

2 … mas a tecnologia atual so’ permite sequenciar ~ 700 bp de cada vez (nao existe um “carretel”, ao menos por enquanto)

3 se ampliássemos esse cromossomo ( ~ 2,5 Mbp ) até que ele medisse 25 metros... cada milímetro conteria 100 bp ( 2.500.000 bp / 25.000 mm ). Uma leitura ( “trace” ) de sequenciador tem ~ 500 bp = 5 mm Sequenciando um genoma: o tamanho do problema ( ver para crer ) 5.000 traces p/ sequenciar o crom. 4 genoma completo: ~ 3 milhoes de traces

4 primer walking e’ um metodo caro,e que nao conseguiria seq. 1 Mbp. Mas que em termos logicos seria uma alternativa a metodos aleatorios (wgs) Como sequenciar um genoma ? Opcao 1: primer walking

5 Como sequenciar um genoma ? Opcao 2: clone-by-clone

6 Drosophila melanogaster BAC physical map (X chromosome) Como obter o “tiling path” de clones ?

7 Como sequenciar um genoma? Opcao 3: (método “whole genome shotgun”)

8 Genome sequencing strategies

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10 Genomic sequencing fails in repetitive regions WGS CBC (modified from Adams et al. 2000; Lander et al. 2001)

11 WGS uses mate-pairs to “jump across” repetitive DNA

12 Anatomia de um scaffold (“supercontigs”)

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