XXIII Congresso Brasileiro de Microbiologia Novembro de 2005 Sistema de Informação para Coleções de Interesse Biotecnológico (SICol) XXIII Congresso Brasileiro de Microbiologia Novembro de 2005

Construção do conhecimento sobre biodiversidade Coletiva, multi e inter-disciplinar Requer um ambiente de cooperação global Depende de uma base comparativa de dados e de conhecimento

Dados Ontem: pessoas responsáveis por seus dados dados “lidos” e interpretados por indivíduos descobertas feitas através do pensamento, através da análise de um indivíduo ou de algumas pessoas Futuro grupos / instituições responsáveis pela gestão dos dados de provedores múltiplos leitura e interpretação com o auxílio de software descobertas feitas com o uso de computadores, verificadas pelas pessoas Dados precisam ser digitais e estar disponíveis on-line

Evolução do conceito de coleções de culturas “depósitos” de material de pesquisa depósito + serviços (preservação, identificação, distribuição ...) + catálogo depósito + serviços + pesquisa + catálogo depósito + serviços + pesquisa + centro de informação

Evolução: Catálogo (CC) Centro de Dados (CRB)

Desafios Mudança de cultura (compartilhamento de dados/ informações) Adoção de padrões mínimos (integração de dados de fontes diversas) Desenvolvimento e uso de ferramentas computacionais: Integração de dados e de interoperabilidade de sistemas Análise, síntese e visualização

Modelo: CABRI – Common Access to Biological Resources and Information Metas Aumentar a conscientização dos usuários científicos quanto à qualidade e variedade de coleções de culturas Européias Facilitar o acesso ao material e à informação Estratégia adotada Desenvolvimento de um sistema de acesso único aos catálogos das coleções Garantia de um nível comum de qualidade do material e informação associada

CABRI Iniciativa da Comunidade Européia Hoje é um consórcio de nove centros de recursos biológicos Belgian Co-ordinated Collections of Micro-organisms CABI Bioscience (UK) Centraalbureau voor Schimmelcultures (Holanda) Institut Pasteur CIP (França) CERDIC (França) Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (Alemanha) European Collection of Cell Cultures (UK) National Institute for Cancer Research, Interlab Cell Line Collection (Itália) National Collections of Industrial, Marine and Food Bacteria (UK) http://www.cabri.org/

CABRI – padronização dos dados dados mínimos, dados recomendados e dados completos para cada grupo taxonômico. permite a inclusão de dados históricos permite a inserção de dados mais completos

CABRI Guidelines Padrões de qualidade para o gerenciamento de coleções Guidelines para a produção de catálogo Manual de Procedimentos

Microrganismos

Sistema de Informação de Coleções de Interesse Biotecnológico Apoio MCT/CNPq/Finep http://sicol.cria.org.br

Objetivos do SICol Servir de elemento integrador às diversas e diferenciadas coleções Atender à demanda por informação das coleções e dos usuários de insumos biológicos na área da biotecnologia Atender à demanda por informação dos formuladores de políticas públicas.

A primeira fase do projeto envolveu: Diagnóstico para definir a arquitetura: documentação e registro de dados infra-estrutura e capacitação ferramentas disponíveis Desenvolvimento de um web site

Diagnóstico (2001) Documentação Infra-estrutura e capacitação básica (registro apenas de campos mínimos) pouco estruturada (pouca/nenhuma utilização de vocabulário controlado e formatos comuns) atendimento da demanda interna Infra-estrutura e capacitação acesso à Internet é precário sem apoio de informática necessidade de um sistema de gestão do acervo Ferramentas disponíveis Sistema distribuídos eram complexos: demandariam uma certa competência em informática nas coleções

Diagnóstico: Arquitetura do Sistema Opção por um sistema centralizado (no momento) Princípios: Provedor dos dados: total domínio, controle e responsabilidade pelos dados Desenvolvimento do sistema: baseado em protocolos abertos, “platform independent”, utilizando sempre que possível software de acesso público, não comercial .

2a. Fase: desenvolvimento do sistema on-line (catálogo virtual) Bactérias Fungos Células Etc... Base de dados do SICol Usuário Interface Web Coleções

Características do Sistema Autonomia completa das coleções em relação aos dados. Desenvolvido utilizando aplicativos “open source” ou livre Compatibilidade com o padrão CABRI

Autonomia das coleções O SICol disponibiliza uma área de acesso restrito para que as coleções administrem os seus dados pela internet. A qualquer momento as coleções podem inserir novos dados ou apagar os que estão sendo disponibilizados por ela. A qualidade das informações disponibilizadas é de total responsabilidade de cada coleção.

Para participar do SICol 1- Preencher e enviar para o CRIA o questionário: http://sicol.cria.org.br/pdf/questionario.rtf 2- O CRIA envia login e senha por e-mail para acesso à área restrita: http://sicol.cria.org.br/adm/ 3- Na área restrita a coleção pode baixar a planilha modelo já no formato que os dados devem ser enviados ao SICol. 4- Através da área restrita a coleção também pode atualizar os dados no sistema.

Resultado do esforço conjunto... http://sicol.cria.org.br/cv

Bacillus cereus

Atualização CABRI: as coleções se comprometem a atualizar os seus catálogos a cada 6 meses SICol: não existe qualquer compromisso nesse sentido

Rede speciesLink Provedores: coleções biológicas com total domínio sobre os dados Sistema Distribuído Modelo de dados: DarwinCore Protocolo de comunicação: DiGIR

Novos desenvolvimentos Trabalhar no conteúdo do SICol Desenvolvimento do sistema de gerenciamento

Serviços Web Mapas Modelagem Datacleaning Georeferenciamento automático Outros serviços portal servidor regional data commons space data commons space coleções biológicas dados de observação dados taxonômicos Sistema de preservação de dados para gerações futuras (long term data archive)

Cenário envolvendo o uso de padrões e protocolos pesquisa educação nomenclatura taxonomia dados descritivos tomada de decisão dados primários modelagem qualidade de dados mapas coleção biológica

Obrigada Dora Ann Lange Canhos (dora@cria.org.br) http://splink.cria.org.br http://www.cria.org.br