Portaria MCT nº 650, de estabeleceu a nova estrutura do LBA Foram instituídos um Conselho Diretor, uma Gerência Executiva e um Comitê Científico.

Ao Conselho Diretor órgão de supervisão do programa LBA, compete: I - estabelecer diretrizes, supervisionar e avaliar o desenvolvimento do Programa LBA; II - aprovar a estratégia científica geral do Programa LBA e seus planos científicos; III - aprovar a agenda educacional e de capacitação de recursos humanos do Programa LBA; IV - emitir pareceres e recomendações relacionadas ao Programa LBA, em especial no que concerne à colaboração com as instituições científicas estrangeiras participantes e à integração com outros programas nacionais e de pesquisa sobre a Amazônia;

V - designar os membros do Comitê Científico do Programa LBA; VI - aprovar, supervisionar e avaliar o Plano Operativo Anual (POA) do Programa LBA; VII - aprovar a estrutura da Gerência executiva, designar seu titular e supervisionar suas atividades; VIII - aprovar a inclusão de novos projetos científicos ao Programa LBA.

O Conselho Diretor terá a seguinte composição: I - Secretário de Políticas e Programas de Pesquisa e Desenvolvimento - SEPED/MCT, que o presidirá; II - Diretor do Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA); III - Um representante do Ministério do meio Ambiente; IV - Um representante do Ministério da Defesa; V - Um representante do Ministério das Relações Exteriores; VI - Um representante do Casa Civil da Presidência da República.

VII - Três representantes de instituições científicas ligadas a questões ambientais da Amazônia; VIII - Um representante das universidades públicas da Região Amazônica, indicado pelo Conselho de Reitores das Universidades Brasileiras; IX - Um representante das Secretarias Estaduais de Ciência e Tecnologia da Amazônia.

Compete à Gerencia Executiva, órgão supervisionado pelo Conselho Diretor: I - implementar o Plano Operativo Anual (POA); II - dirigir, coordenar e apoiar, por meio de Escritório Central e de Escritórios Regionais do Programa LBA, a implementação e manutenção das atividades, incluindo apoio logístico aos trabalhos de campo; III - gerenciar o sistema de dados e informações do LBA; IV - apoiar as atividades de treinamento e educação; V - assessorar o Conselho Diretor e Comitê Científico na realização de reuniões científicas, gerenciais e de avaliação. VI - coordenar a implementação da estratégia científica geral do Programa, em consonância com o Plano Experimental Conciso do LBA.

Ao Comitê Científico, órgão de assessoramento do programa LBA compete: I - propor a agenda científica do Programa LBA e avaliar regularmente seu desenvolvimento; II - elaborar os Planos Científicos do Programa LBA; III - assessorar o Conselho Diretor nas diretrizes, a estratégia científica e a integração dos projetos e atividades do Programa LBA; IV - recomendar a inclusão de novos projetos científicos ao Programa LBA; V - acompanhar o desenvolvimento do sistema de dados e informações.

Ainda: O Comitê Científico será composto por representantes das equipes científicas de cada componente do Programa LBA. O exercício de função nos órgãos da estrutura do Programa LBA não será remunerado, sendo considerado serviço público relevante. O Programa LBA, manterá um portal na Internet, como meio de interação entre seus pesquisadores e divulgação das pesquisas e dos resultados obtidos. Os casos omissos serão resolvidos pelo presidente do Conselho Diretor.