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Bancos de dados para análise de sequências de DNA Luciano Pinto, Dr.

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1 Bancos de dados para análise de sequências de DNA Luciano Pinto, Dr.

2 Bancos de dados de sequências de Nucleotídeos

3 • DDBJ - DNA Databank of Japan • O DDBJ foi construído em 1986 e, desde então, funciona como um dos três bancos de dados internacionais oficiais de DNA. • DDBJ é o único banco de dados de DNA do Japão certificado oficialmente para coletar seqüências de DNA submetidas por pesquisadores e para fornecer os números de acesso, internacionalmente reconhecidos, a quem submete dados. • DDBJ - DNA Databank of Japan • O DDBJ foi construído em 1986 e, desde então, funciona como um dos três bancos de dados internacionais oficiais de DNA. • DDBJ é o único banco de dados de DNA do Japão certificado oficialmente para coletar seqüências de DNA submetidas por pesquisadores e para fornecer os números de acesso, internacionalmente reconhecidos, a quem submete dados. Bancos de dados de sequências de Nucleotídeos

4 Bancos de dados de sequências de Nucleotídeos

5 Nucleotide Sequence Database (EMBL) • Este banco de dados é o repositório primário de seqüências de nucleotídeos da Europa e é mantido pelo EMBL -European Molecular Biology Laboratory. • A maioria dos seus registros de seqüências de DNA e RNA são submissões feitas diretamente por pesquisadores individuais, por projetos de seqüenciamento de genomas ou por aplicações de patentes. Link para o EMBL: Nucleotide Sequence Database (EMBL) • Este banco de dados é o repositório primário de seqüências de nucleotídeos da Europa e é mantido pelo EMBL -European Molecular Biology Laboratory. • A maioria dos seus registros de seqüências de DNA e RNA são submissões feitas diretamente por pesquisadores individuais, por projetos de seqüenciamento de genomas ou por aplicações de patentes. Link para o EMBL: Bancos de dados de sequências de Nucleotídeos

6 Bancos de dados de genomas ACeDB • The Sanger Centre. • O ACeDB (A Caenorhabditis elegans DataBase) é um banco de dados que surgiu do projeto genoma de C. elegans e inclui mapas de restrição, informações estruturais sobre os genes (introns, exons, promotores) mapas de cosmídeos, referências bibliográficas, dentre outras. • O software desenvolvido a para organização destas informações é o ACEDB, cuja interface gráfica permite observar dados genômicos em diferentes resoluções. Link para o ACeDB:

7 SGD • O SGD (Saccharomyces Genome Database) contém informações completas sobre o genoma do S. cerevisiae, que foi o primeiro genoma de um eucarioto a ser seqüenciado. • Apresenta uma ótima interface gráfica para ilustração dos genes e seus produtos, além de informações sobre fenótipos dos mutantes e referências bibliográficas. Link para o SGD: SGD • O SGD (Saccharomyces Genome Database) contém informações completas sobre o genoma do S. cerevisiae, que foi o primeiro genoma de um eucarioto a ser seqüenciado. • Apresenta uma ótima interface gráfica para ilustração dos genes e seus produtos, além de informações sobre fenótipos dos mutantes e referências bibliográficas. Link para o SGD: Bancos de dados de genomas

8 FlyBase • FlyBase é um banco de dados genéticos e moleculares da família Drosophilidae, em que a espécie primária representada é a Drosophila melanogaster. • Inclui informações sobre alelos de mais de gens, expressão e propriedades de transcritos e proteínas, além de informações sobre funções dos genes. Link para o FlyBase:http://flybase.org/ FlyBase • FlyBase é um banco de dados genéticos e moleculares da família Drosophilidae, em que a espécie primária representada é a Drosophila melanogaster. • Inclui informações sobre alelos de mais de gens, expressão e propriedades de transcritos e proteínas, além de informações sobre funções dos genes. Link para o FlyBase:http://flybase.org/ Bancos de dados de genomas

9 FlyBase

10 Bancos de dados de genomas E. Coli Genome Project • O Genome Project da Universidade de Wiscosin é um centro de pesquisas sobre genomas, originalmente criado para completar o seqüenciamento do genoma de Escherichia coli K-12. • O E. Coli Genome Project, originário desta fundação, continua a manter e a atualizar as seqüências anotadas, além de trabalhar na caracterização funcional e na regulação dos genes de E. coli K-12. E. Coli Genome Project • O Genome Project da Universidade de Wiscosin é um centro de pesquisas sobre genomas, originalmente criado para completar o seqüenciamento do genoma de Escherichia coli K-12. • O E. Coli Genome Project, originário desta fundação, continua a manter e a atualizar as seqüências anotadas, além de trabalhar na caracterização funcional e na regulação dos genes de E. coli K-12.

11 Bancos de dados de genomas

12 • NCBI

13 Exercícios: 1. Abra a página do NCBI e abra o link Genome Projects,Genome Projects 2. Descreva qual a função desta entrada e quais os possíveis projetos de sequenciamento genômico. 3. Encontre o Projeto Genoma Humano. 4. Descreva qual sua percepção a respeito destas ferramentas.


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