Bioinformática (Alinhamento de Seqüências)

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1 Bioinformática (Alinhamento de Seqüências)
Aluno: Gabriel de Albuquerque Veloso (gava)

2 Roteiro Motivação Método da Matriz de pontos
Método de Needleman-Wunsch conclusão

3 Motivação O alinhamento de seqüências de DNA, RNA e proteínas é umas das bases da Bioinformatica, permite a descoberta de possíveis mutações, funções de novas proteínas e construção de árvore filogenética.

4 Alinhamento de Seqüências Biológicas
È um método de comparação que busca determinar o grau de similaridade entre duas ou mais seqüências, ou fragmentos dessas seqüências e pode ser global ou local.

5 Método da Matriz de Pontos

6 Programação Dinamica - Alinhamento global (Needleman-Wunsch)
Método computacional que calcula o melhor alinhamento possível entre sequências Si,0 = gap * i S0,j = gap * j Match = 5 Mismatch = -3 Gap = -4

7 Programação Dinamica - Alinhamento global (Needleman-Wunsch)
S1,1 = MAX[S0,0 + p(I,j), S1,0 - gap, S0,1 - gap] = MAX[5, -8, -8] S1,1 = MAX[S0,0 + 5, S1,0 - 4, S0,1 - 4] = MAX[5, -8, -8]

8 Programação Dinamica - Alinhamento global (Needleman-Wunsch)
O valor do alinhamento ótimo se encontra na posição [m,n]

9 Programação Dinamica - Alinhamento global (Needleman-Wunsch)
G A A T T C A G T T A | | | | | | G G A – T C – G - — A 5 – – – – 4 – = 11

10 Conclusão A comparação de seqüências de organismos é uma das operações mais importantes da Bioinformatica, e serve de base para outros estudos Alinhamento com matriz de pontos, busca todos os possíveis alinhamentos de caracteres entre duas seqüências. Alinhamento Global, procura o melhor alinhamento possível utilizando as duas seqüências completamente.