Disciplina: Bioinformática Aplicada ao Estudo de Doenças Parasitárias

Apresentação em tema: "Disciplina: Bioinformática Aplicada ao Estudo de Doenças Parasitárias"— Transcrição da apresentação:

1 Disciplina: Bioinformática Aplicada ao Estudo de Doenças Parasitárias
Plataforma SOLiD ICB –USP Disciplina: Bioinformática Aplicada ao Estudo de Doenças Parasitárias Jaques Franco

2 Carvalho et al ,2010

3 Andreonte ,2011.

4 Base -code Color-code Roche-454 Illumina-Solexa ABI-SOLiD c c
ATGTCGTGCTGCCGAGCGGAGGTGAATGAGCCAGTAACTCCCAGCTCCGCTTCATCATTGGAGTCTGACG T Base -code Color-code

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6 SOLiD 4 SOLiD 5500

7 Reação é catalisada por uma DNA ligase

8 Nesse método os fragmentos de DNA são gerados e ligados aos adaptadores P1 e P2 que se ligam especificamente a uma microesfera

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10 Ciclo de hibridização a cada 35pb

11 Código 1 2 3 FAM Cy3 TXR Cy5 AA AC AG AT CC CA GA TA GG GT CT CG TT TG
1 2 3 Fluorocromos FAM Cy3 TXR Cy5 AA AC AG AT CC CA GA TA GG GT CT CG TT TG TC GC

12 Saída do Sequenciador Os arquivos que representam as sequências obtidas estão no formato “csfasta”. Valor da qualidade associada a cada transição de base das sequências lidas estão no formato “qual”.

13 Pipeline De novo É um conjunto de softwares utilizados para montagens de genomas onde não se conhece a referência, ele faz a montagem dos “reads” e gera sequências maiores como contigs e scaffolds.

14 1.Leituras curtas de 35 pares de bases 2. Regiões repetitivas
Limitações 1.Leituras curtas de 35 pares de bases 2. Regiões repetitivas 3. Construção de bibliotecas 4. Custo das máquinas 5. Erros de montagem 6. Processamento, análise e interpretação de dados 8. DNA barcode