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ICB –USP Disciplina: Bioinformática Aplicada ao Estudo de Doenças Parasitárias Jaques Franco Plataforma SOLiD.

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Apresentação em tema: "ICB –USP Disciplina: Bioinformática Aplicada ao Estudo de Doenças Parasitárias Jaques Franco Plataforma SOLiD."— Transcrição da apresentação:

1 ICB –USP Disciplina: Bioinformática Aplicada ao Estudo de Doenças Parasitárias Jaques Franco Plataforma SOLiD

2 Carvalho et al,2010

3 Andreonte,2011.

4 Base -code Color-code ATGTCGTGCTGCCGAGCGGAGGTGAATGAGCCAGTAACTCCCAGC TCCGCTTCATCATTGGAGTCTGACG T ABI-SOLiDIllumina-SolexaRoche-454 c c

5

6 SOLiD 4 SOLiD 5500

7 Reação é catalisada por uma DNA ligase

8 Nesse método os fragmentos de DNA são gerados e ligados aos adaptadores P1 e P2 que se ligam especificamente a uma microesfera

9

10 Ciclo de hibridização a cada 35pb

11 Código0123 Fluorocromos FAMCy3TXRCy5 AAACAGAT CCCAGATA GGGTCTCG TTTGTCGC

12 Saída do Sequenciador Os arquivos que representam as sequências obtidas estão no formatocsfasta. Valor da qualidade associada a cada transição de base das sequências lidas estão no formato qual.

13 Pipeline De novo É um conjunto de softwares utilizados para montagens de genomas onde não se conhece a referência, ele faz a montagem dos reads e gera sequências maiores como contigs e scaffolds.

14 Limitações 1.Leituras curtas de 35 pares de bases 2. Regiões repetitivas 3. Construção de bibliotecas 4. Custo das máquinas 5. Erros de montagem 6. Processamento, análise e interpretação de dados 8. DNA barcode


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