TAGAGCATCGATCGATGCTGCAGATGATGCTAGCATCGGCTAGGCGACG ATCTCGTAGCTA ATCTCGTAGCTAGCTACGACGTCTA ATCTCGTAGCTAGCTA ATCTCGTAGCTAG ATCTCGTAGCTAGC ATCTCGTAGCTAGCT.

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2 TAGAGCATCGATCGATGCTGCAGATGATGCTAGCATCGGCTAGGCGACG ATCTCGTAGCTA ATCTCGTAGCTAGCTACGACGTCTA ATCTCGTAGCTAGCTA ATCTCGTAGCTAG ATCTCGTAGCTAGC ATCTCGTAGCTAGCT ATCTCGTAGCTAGCTAC ATCTCGTAGCTAGCTACG ATCTCGTAGCTAGCTACGA ATCTCGTAGCTAGCTACGAC ATCTCGTAGCTAGCTACGACG ATCTCGTAGCTAGCTACGACGT ATCTCGTAGCTAGCTACGACGTC ATCTCGTAGCTAGCTACGACGTCT ATCTCGTAGCT Cromatograma AGCTACGACGTCTAGCAGCATCAGCTATGCATCT PHRED A cada base é atribuída uma chance de erro da nomeação 1% = 0,01 = 10 -2 = PHRED 20 (qualidade)

3 Início Fim $phred –id chromat_dir –p –trim_alt –trim_cutoff 0.16 864 seqüências de pUC18 (MegaBACE, single pool) ACGATCGTACGTACTACGATCGTATGCTATCGGCAGTTGCATCGTTAGCTGTATGCCT Seq: tgcatttcgacagaattgacttcagccgacaaaccttgcgga-caaaagtgacgaccata 648 |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| pUC18: tgcatttcgacagacttgacttcag-cgacaaaccttgcggaccaaaagtgacgaccata 859 Alinhamento com pUC18 (SWAT) Banco de dados de erros (Pearl, MySQL) trocainserçãodeleção 3%

4 Nomeação de bases em seqüências de DNA por PHRED: análise do padrão de erros Francisco, Fabiano e Miguel LCC-CENAPAD A T G C BIOINFORMÁTICA UFMG

5 Para as bases com um dado valor de PHRED: -Erro esperado (valor de PHRED e n° de bases) -Erro observado 35% das 632034 bases

6 Tipos de erro por valor de PHRED: -Troca: prevalece nos menores valores de PHRED -Deleção: erros na região de alta qualidade -Inserção: erros menos freqüentes

7 Qualidade média na vizinhança do erro: -Erros estão em região de escore muito similar -Deleção:vizinhança de maior qualidade -Troca: vizinhança de menor qualidade (suave viés)

8 Conclusões: Erros tendem a ser subestimados em bases com alta qualidade (20 ou superior) Trocas e deleções prevalecem em regiões de baixa e alta qualidade, respectivamente Não se consegue antever qual é a base errada Perspectivas: Resultados preliminares indicam que baixos valores de escore podem antever janelas onde os erros ocorrem 8 8 7 6 8 9 8 9 9 9 10 A C G t G X T C C T G