Genómica Licenciatura em Ciências Biomédicas Departamento de Ciências da Saúde, UCP Fevereiro 2013.

Apresentação em tema: "Genómica Licenciatura em Ciências Biomédicas Departamento de Ciências da Saúde, UCP Fevereiro 2013."— Transcrição da apresentação:

1 Genómica Licenciatura em Ciências Biomédicas Departamento de Ciências da Saúde, UCP Fevereiro 2013

2 Sumário 1.Sequenciação Evolução histórica: – O método de Sanger – Sequenciação automática – Sequenciação completa de genomas Aspetos técnicos das várias formas de sequenciação – Preparação de fragmentos de DNA para sequenciação. – Reação – Deteção Aplicações dos resultados da sequenciação

3 Sequenciação O que é? Para que serve? Desafios? Eventos que permitiram a sequenciação: – Electroforese em acrilamida – PCR – Fluorimetria em capilares – Miniaturizãção

4 PERSPETIVA HISTÓRICA DAS TÉCNICAS

5 3 grupos principais Manual (Maxam & Gilber e Sanger) 1975/1977 Automática (Baseado em Sanger) 1980’s Massiva (Next Generation) 2000

6 Sequenciação Manual Maxam e Gilbert – Término de sequências em várias bases Sanger – Síntese de sequências que terminam em cada uma das 4 bases aleatroriamente

7 Sequenciação de Sanger

8

9

10

11 Sequenciação automática de Sanger Em vez de radioatividade usa-se fluorescência. – Podem usar-se 4 fluorocromos diferentes Podem ler-se todas as reações num mesmo tubo capilar (e.g citometria de fluxo) ou poço do gel de eletroforese. Os detetores detetam cores diferentes no capilar ou no gel. Os resultdos são interpretados pelo software © John Wiley & Sons, Inc.

12 Sequenciação automática de Sanger © John Wiley & Sons, Inc.

13 Sequenciação automática de Sanger © John Wiley & Sons, Inc.

14 Sequenciação automática de Sanger © John Wiley & Sons, Inc.

15 Sequenciação automática de Sanger © John Wiley & Sons, Inc.

16 Sequenciação automática de Sanger © John Wiley & Sons, Inc.

17 Manual/Automatizada

18 Técnicas de sequenciação massiva Sequenciação por síntese de novo A síntese ocorre em dezenas de milhares de fragmentos ao mesmo tempo. É retirada uma “foto” em cada passo de forma a que se sabe como é que a sequencia “cresce”

19

20

21

22

23

24 Um outro suporte são esferas Emulsion PCR

25 ASPETOS TÉCNICOS DAS VÁRIAS FORMAS DE SEQUENCIAÇÃO

26 Construção de Bibliotecas Genómicas DNA library conjunto dos clones de todos os fragmentos do genoma de um organismo. cDNA conjunto das regiões de um genoma expressas num momento e/ou condição fisiológica. © John Wiley & Sons, Inc.

27 Preparação do DNA Fragmentação – Enzimas de restrição – Radiação Amplificação – Por clonagem (demorada e muito trabalhosa) – Por PCR

28 APLICAÇÕES DOS RESULTADOS DE SEQUENCIAÇÃO

29 Aplicações Conhecimento da diversidade Aplicações individualizadas

30 Bibliografia Korf, Bruce & Irons, Mira (2013) Human Genetics and Genomics 4 th edition John Wiley & Sons (Ltd). ISBN-13: 978-0-470-654477. Capítulo 14Bruce Artigos disponibilizados aos alunos na pasta da intranet relativa à Genómica. Snustad Principles of genetics. Capítulo 15 Secção de sequanciação