Thamilis J. Menezes

 GENÔMICA NOVOS CONCEITOS MARCADOR MOLECULAR CHIP DE SNP SELEÇÃO GENÔMICA VIÁVEL EFICAZ PRODUÇÃO Melhoramento Genético

 O que são marcadores?

 Qualquer característica morfológica ou molecular que diferencia indivíduos, e que seja facilmente detectável.  Morfológicos  Bioquímicos  DNA Marcadores Genéticos

 Os marcadores moleculares são variações no genoma que podem caracterizar as diferenças genéticas entre dois ou mais indivíduos e são analisados com auxílio de diferentes metodologias de biologia molecular.  Bioquímicos  DNA Marcadores moleculares

 É um fenótipo de fácil identificação, normalmente determinado por um único alelo. Morfológicos Características fenotípicas são utilizadas como marcadores morfológicos desde os tempos de Mendel, como fenótipos de fácil identificação visual.

  Baseado na propriedade de migração das proteínas, as quais podem ser separadas por eletroforese; Bioquímicos

  Polimorfismo detectado na sequência de DNA Vantagens: - Não é objeto de influências ambientais; - Potencialmente ilimitado em número;  Maior desvantagem é a necessidade de técnicas e equipamentos mais complexos. Marcadores de DNA

  Alto polimorfismo  Não sofrem influencia do meio  Geralmente são codominantes  Analisados em qualquer estágio do indivíduo  Caracterizam um indivíduo a partir de células ou tecidos Vantagens dos Marcadores

  Métodos de extração de DNA  Ausência de polimorfismo  Escolha da técnica  Poucos Linkage maps  Custo das técnicas Limitações

  Uso de Marcadores moleculares como parâmetro de seleção em programas tradicionais de melhoramento Seleção Assistida por Marcadores - MAS

  *PCR  RFLP  STRs  SNP Como são detectados

  Mullis, 1983  Replicação do DNA in vitro *PCR ( POLIMERASE CHAIN REACTION )

  Desnaturação - abertura da fita dupla de DNA devido a temperatura de 92ºC a 95ºC.  Emparelhamento - temperatura é reduzida rapidamente para 35ºC a 60ºC,permitindo a hibridação da primeira fita de DNA.  Extensão - a temperatura é elevada para 72ºC para que a enzima DNA polimerase realize a extensão adicionando nucleotídeos. Etapas do PCR

  Baseado em Hibridação  Elevado grau de polimorfismo  Heritabilidade codominante  Preço elevado  Reprodutibilidade elevada RFLP ( RESTRICTION FRAGMENT LENGHT POLIMORPHISM )

  Extração de DNA  Corte da fita dupla de DNA com enzimas de Restrição  Gel agarose (neste gel não se pode ver as bandas separadamente, por serem muitas)  Passagem das bandas para membrana de nitrocelulose por capilaridade  Fixação das bandas de DNA na membrana  Hibridização da sonda aos fragmentos complementares de DNA  Exposição das sondas a um filme de raio X num processo chamado auto radiografia, revelando as bandas de DNA. Etapas do RFLP

 Locos RFLP estudado em populações segregantes

  Variação do PCR  Utiliza um par de primers específicos  Amplifica segmentos curtos Microssatélites ou STRs

  Baseado em PCR  Polimorfismo muito elevado  Heritabilidade codominante  Preço elevado  Reprodutibilidade elevada  Grande número de indivíduos e marcadores Microssatélites ou STRs

  Extração de DNA  Quantificação de DNA extraído  Padronização da concentração de DNA para PCR  Reação de PCR  Eletroforese  Coloração com brometo de etídio e visualização das bandas Etapas

  Mutações – substituições, deleções e adições de nucleotídeos  Encontrados facilmente em qualquer região do genoma  Dialélicos – pouca informação por locos SNP ( SINGLE NUCLEOTIDE POLIMORPHISM )

  SNPs são as mais frequentes formas de variações genéticas  90% das variações genéticas humanas vêm dos SNPs  SNPs ocorrem a cada 300~600 nucleotídeos  SNPs tem se tornado marcadores de preferência pela sua grande abundância e pelo desenvolvimento de tecnologias de genotipagem em larga escala.

  SNPs são alterações no DNA que se mantém nas gerações futuras – SNP: variação >1% – Mutação: variação <1%

  Polimorfismo do bGH  O gene LEP  Gene da calpaína  Gene CAST Genes de Interesse Econômico

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